Au début de mars, lorsque j’ai interviewé le PDG de Phase Genomics Ivan Liachko, nous en savions juste assez sur le coronavirus émergent pour ne pas nous saluer avec une poignée de main. Phase venait de demander à ses employés de travailler à domicile ce jour-là, et son bureau de South Lake Union et son laboratoire humide étaient silencieux avec un grand parking devant.
La «distance sociale» n’était pas encore entrée dans le lexique, nous avons donc marché côte à côte dans le laboratoire et discuté autour d’un café pendant que Liachko expliquait comment la technologie génomique de Phase aide les chercheurs à faire des découvertes révolutionnaires à travers le monde.
Liachko a également décrit la clientèle croissante de la spin-off de l’Université de Washington, âgée de cinq ans, de nouvelles subventions et son désir de soutenir et d’encourager les start-ups génomiques dans une région mûre pour la croissance.
Ces temps offrent une opportunité de vraiment se concentrer sur le cœur et de simplement commencer à innover comme un fou.
Maintenant, près de trois mois après cette première réunion, tout le paysage a changé. Alors que Phase Genomics, composée de 16 personnes, n’a procédé à aucune mise à pied et à un seul congé, les revenus de la société ont pris un coup et la pandémie les a obligés à se replier sur eux-mêmes, a déclaré Liachko lors d’une récente vidéoconférence de renforcement de la communauté avec d’autres collègues des sciences de la vie. Dr. Jesse Salk de TwinStrand et Alice Ly d’Alexandria LaunchLabs.
L’histoire de Phase illustre la rapidité avec laquelle la pandémie a perturbé le secteur des biotechnologies à croissance rapide de Seattle et comment des entreprises comme Phase adaptent leur technologie à un monde en mutation – et peut-être aident avec COVID-19 dans le processus.
« Ces temps offrent une opportunité de se concentrer vraiment sur le cœur et de simplement commencer à innover comme un fou », a déclaré Liachko. « Comment pouvons-nous nous adapter pour que, lorsque nous en sortirons, nous soyons réellement plus forts? »
Se concentrer sur le noyau
Avant même que l’attention du monde ne se concentre sur un coronavirus microscopique hérissé, Phase Genomics avait cartographié et analysé les génomes de tout, des virus et bactéries aux plantes, animaux et champignons.
« Nous faisons le génome humain, mais aussi cette huître, ce chien, ce babouin », m’a dit Liachko ce matin de mars, en montrant les photographies éclatantes sur le mur. « Ils ont tous des histoires funky derrière eux – chaque projet est sa propre histoire. »
Il y a la merde d’orque qui a été analysée pour la résistance aux antibiotiques, les poux qui vivent sur le saumon au Chili et le virus qui menace les bleuets. Sur une table voisine, un sac en plastique rempli d’un bouquet de trèfles à quatre feuilles attendait son analyse en laboratoire.
La société analyse elle-même les échantillons et envoie des kits (kits de deux kits à partir de 1000 $) dans plus d’une douzaine de pays afin que les scientifiques puissent utiliser la technologie dans leurs propres laboratoires – des travaux sur la résistance aux antibiotiques dans les eaux usées à l’Université de l’Idaho à la recherche sur la rouille du blé en Australie.
Le problème avec le séquençage du génome est qu’il prend l’ADN du génome et le déchiquette en petits morceaux; vous lisez les morceaux. Imaginez un plan pour une maison déchirée en un million de fragments, puis compactée et mélangée.
« Si vous pensez à ce plan, notre technologie vous indique quelles pièces sont proches les unes des autres », a expliqué Liachko. « Si vous savez quelles séquences sont proches et lesquelles sont éloignées, vous pouvez reconstruire le plan. »
Et, si les scientifiques comprennent mieux la conception d’une espèce, ils peuvent plus facilement trouver et résoudre les vulnérabilités, ce qui fait progresser considérablement leurs recherches.
«Un changeur de jeu complet»
Prenez la rouille du blé, une maladie fongique destructrice qui menace la source de nourriture dans le monde.
Au cours des deux dernières décennies, des foyers de rouille virulente du blé ont augmenté, une infection qui peut se propager rapidement et couvrir de longues distances via des spores aéroportées. La maladie destructrice peut laisser des champs infectés sans rendement utile en blé, a expliqué Benjamin Schwessinger, chercheur à l’Australian National University.
Après avoir vu une mention de la technologie de Phase sur Twitter, Schwessinger était intrigué et un peu sceptique. Avant ces kits, un processus similaire nécessitait environ 50 enzymes différentes.
« Au départ, je ne le croyais pas – je ne pensais pas que le kit fonctionnerait », a-t-il déclaré. « Mais maintenant, je pense que cela change la donne. »
Après avoir utilisé le kit, les chercheurs ont connecté des souches résistantes dans des régions disparates du monde et ont mieux compris son fonctionnement distinct – comme les deux noyaux des champignons de la rouille radicalement différents. Cette découverte accélère leur processus de recherche.
Maintenant, l’espoir est qu’ils puissent mieux détecter les agents pathogènes existants, en informant les agriculteurs si leurs cultures sont plus susceptibles d’être infectées et s’il faut utiliser un fongicide. En fin de compte, les informations pourraient être utilisées pour faire correspondre les agents pathogènes avec les variétés de blé, leur permettant de reproduire des cultures résistantes.
« C’est un peu comme naviguer autour du monde il y a 300 ans et découvrir de nouveaux continents », a déclaré Schwessinger. « C’est une toute nouvelle découverte. »
S’adapter à l’évolution des temps
Depuis ce jour, début mars, les bureaux et le laboratoire de Phase Lake South Union sont restés pratiquement vides. Le personnel informatique peut facilement travailler à domicile et le laboratoire est doté d’un horaire rotatif pour minimiser les interactions en personne.
La pandémie a entraîné une myriade de perturbations. Les vendeurs ne peuvent pas être sur le terrain et le solide calendrier des conférences de Liachko – une grande source de réseautage – a été effacé.
Liachko s’inquiète des finances et de la possibilité que les ventes rebondissent un jour. De plus, comment vendez-vous et commercialisez-vous les kits si vous ne pouvez même pas assister à des conférences?
« Vous ne pouvez obtenir autant de traction que sur Twitter », a-t-il déclaré.
Sans le calendrier chargé, cependant, l’entreprise se tourne vers l’intérieur et envisage: Que devons-nous faire de notre temps? Que développons-nous? Comment trouver de nouvelles sources de revenus? Comment pouvons-nous nous adapter pour émerger encore plus fort?
La société a été financée principalement par des revenus et des subventions – et non par du capital-risque – dans le but intentionnel de rester scientifiquement indépendant.
Dans le nouveau climat, il n’y a pas de nouveaux recrutements prévus et beaucoup d’écriture de subventions: « Je pense que beaucoup de gens écrivent des subventions comme des fous », a déclaré Liachko. (Dans l’ensemble, la société a reçu 3,5 millions de dollars en subventions, y compris des fonds du NIH pour développer un kit pour relier les gènes de résistance aux antibiotiques à leurs hôtes et un financement de la Fondation Bill & Melinda Gates pour travailler sur un nouveau modèle de calcul du génome.)
La doublure en argent dans l’isolement forcé a été un accent renouvelé sur ses efforts de recherche et développement qui avaient ralenti car ils servaient une clientèle croissante.
D’une part, ils travaillent sur un moyen d’utiliser leur technologie pour découvrir de nouveaux virus de l’environnement. Et, ils travaillent sur les moyens d’appliquer leur plate-forme existante aux efforts de COVID-19 dans des domaines comme la génétique humaine. Étant donné que leur méthode améliore la découverte du microbiome, elle pourrait aider à identifier les facteurs qui améliorent la réponse immunitaire aux infections à coronavirus.
Pivoter vers un défi mondial
La réaction de Phase à la pandémie n’est pas inhabituelle dans l’industrie des sciences de la vie à Washington, a déclaré Leslie Alexandre, président et chef de la direction de Life Science Washington, une association commerciale à but non lucratif.
«Presque toutes les entreprises dont la technologie peut être appliquée à COVID-19 ont orienté au moins une partie de leur R&D vers ce défi mondial», a-t-elle déclaré.
Le financement du COVD-19 pour les diagnostics, les thérapies, les vaccins et la bioproduction, ainsi que la recherche sous-jacente en immunologie et en virologie, afflue du gouvernement fédéral et des organisations de santé mondiales, a-t-elle déclaré. Et se tourner vers l’octroi de financements en ces temps difficiles est une stratégie intelligente.
«Chaque fois qu’une entreprise, en particulier une entreprise aussi jeune que Phase Genomics, peut obtenir des revenus non dilutifs sous forme de subvention pour poursuivre sa R&D, c’est une bonne chose», a-t-elle déclaré.
À l’avenir, les choses seront probablement différentes, même dans un monde post-pandémique, a reconnu Liachko lors du récent appel vidéo. Mais ils n’ont pas à être mauvais. Cela pourrait être l’occasion de présenter des choses qui seront encore plus intéressantes, a-t-il déclaré.
Peut-être, alors, ses derniers commentaires de notre réunion de mars étaient encore plus prémonitoires que nous ne le savions à l’époque: « Notre technologie consiste vraiment à aller vers l’inconnu, à découvrir des choses que les autres ne peuvent pas découvrir. »