Un jeu de réflexion sur les protéines révèle 99 façons de confondre le coronavirus – GeekWire


Conception Foldit
Il s’agit de l’une des conceptions de protéines les plus performantes qui seront transformées en un véritable liant protéique à tester en tant qu’agent bloquant les coronavirus. (Stomjoh via Foldit / UW Institute for Protein Design)

Qui aurait pensé qu’un jeu vidéo pourrait identifier des traitements potentiels pour COVID-19? Les chercheurs de l’Institut de conception des protéines de l’Université de Washington l’ont certainement pensé, et jusqu’à présent le jeu a produit 99 chances de gagner.

Le jeu est un casse-tête contenant des protéines appelé Foldit, qui a été créé au Center for Game Science de l’UW il y a plus d’une décennie et a attiré près de 200 000 joueurs inscrits depuis.

Les fans de Foldit trouvent des moyens de tordre les structures de protéines virtuelles en toutes sortes de contorsions. Certaines de ces contorsions s’avèrent avoir une valeur thérapeutique, ce qui peut augmenter le score d’un joueur dans le jeu. Et cela peut avoir des implications réelles pour contrer le coronavirus.

Au niveau cellulaire, les structures protéiques peuvent activer des processus biologiques ou agir comme des clés pour ouvrir les verrous qui protègent les cellules contre les dommages. Par exemple, le coronavirus qui cause COVID-19, connu sous le nom de SARS-Cov-2, a une structure protéique en forme de pointe qui est particulièrement bien conçue pour déverrouiller les défenses d’une cellule et pénétrer à l’intérieur pour faire son sale boulot.

Une fois que les chercheurs ont cartographié la forme du virus, l’Institute for Protein Design a lancé un défi aux joueurs de Foldit. Ils ont été chargés de plier les protéines virtuelles en formes qui pourraient s’accrocher à la clé squelette du coronavirus et la gommer, la rendant inutile pour une effraction cellulaire.

Des milliers de modèles ont été soumis et notés au cours de trois épreuves. Désormais, les chercheurs de l’institut ont sélectionné 99 modèles, 33 de chaque cycle, qui seront transformés en protéines du monde réel connues sous le nom de liants pour les tests en tant qu’agents antiviraux.

« Il faudra encore quelques semaines avant l’arrivée des gènes et nous pourrons commencer des expériences sur les conceptions de Foldit », a déclaré aux joueurs dans un article de blog Brian Koepnick, un biochimiste de l’UW qui se concentre sur Foldit. « En attendant, nous continuerons de travailler à la conception de meilleurs classeurs dans Foldit. »

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Dans un article de blog précédent, Koepnick a averti les joueurs que les protéines synthétiques ne fonctionnent pas toujours aussi bien dans le monde réel que dans le laboratoire de chimie généré par ordinateur de Foldit.

«La conception des liants protéiques est un très problème difficile – l’un à la pointe de la biologie computationnelle – et il existe d’autres facteurs physiques qui sont difficiles à prendre en compte », écrit-il. « Même si nos métriques sont bonnes sur papier ou sur ordinateur, seuls les tests en laboratoire nous diront si ces protéines de conception se plient et se lient réellement à la cible. »

Mais si l’institut peut transformer l’un des 99 modèles en un médicament réalisable qui peut arrêter le coronavirus sur ses traces, les joueurs de Foldit ne seront pas les seuls gagnants.

Pour participer au jeu, rendez-vous sur le site Web de Foldit, téléchargez le logiciel et suivez les instructions. Après avoir compris le jeu en jouant aux didacticiels, regardez cette vidéo de 49 minutes pour obtenir des conseils sur la façon de résoudre les énigmes des coronavirus.



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